നീലേശ്വരം തൈക്കടപ്പുറത്ത് എടത്തൂർ അഴി ഏഴായി മുറിഞ്ഞ് പൊന്തിവന്ന കരയാണ് മൂലസ്ഥാനം. അവിടെ അറയും നിലവും ക്ഷേത്രത്തിനു സ്വന്തമായുണ്ട്. ഉത്സവനടത്തിപ്പിന്റെ സൗകര്യത്തിനും സാധനങ്ങൾ സൂക്ഷിക്കാനുമായി പടിഞ്ഞാറ്റം കൊഴുവലിൽ ഭണ്ഡാരപ്പുരയമുണ്ട്.

പിന്നെയും കാലമേറെ പിന്നിട്ടപ്പോൾ തൈക്കടപ്പുറം മൂലസ്ഥാനത്തെ കടപ്പുറത്ത് ഭഗവതിക്ഷേത്രം കടലേറ്റത്തിൽ തകർച്ചയെ നേരിട്ടു. അവിടെയുളള ഭഗവതിചൈതന്യത്തെ പടിഞ്ഞാറ്റം കൊഴുവലിലുളള ഭണ്ഡാരപ്പുരയോട് ചേർന്നു ശ്രീകോവിൽ പണിത് മാറ്റി പ്രതിഷ്ഠിച്ചു. പിന്നീട് ഏളത്ത മഹോൽസവം ഭണ്ഡാരപ്പുര കേന്ദ്രീകരിച്ചായി. തൈക്കടപ്പുറത്ത് പ്രതിഷ്ഠിക്കപ്പെട്ട്, പടിഞ്ഞാറ്റം കൊഴുവൽ ഭണ്ഡാരപ്പുരയിലേക്ക് കടപ്പുറത്ത് നിന്നും വന്ന ഭഗവതി പിന്നീട് കടപ്പുറത്ത് ഭഗവതി എന്ന പേരിൽ അറിയപ്പെട്ടു.

ഒരുനാൾ അറക്കൽ ക്ഷേത്ര ഊരാളൻ ആയ തമ്മക്കാരൻ കാരണവർക്ക് സ്വപ്നദർശനമുണ്ടായി. അങ്ങ് വടക്ക് ഒരിടത്ത് മൂലസ്ഥാനം പരിചരിക്കാനാളില്ലാതെ കാടുമൂടി കിടക്കുന്നു എന്നും അവിടം ശുദ്ധി വരുത്തി പരിപാലിക്കണമെന്നതുമായിരുന്നു സ്വപ്നം. തമ്മക്കാരൻ കാരണവരും സംഘവും നീലേശ്വരം ലക്ഷ്യമാക്കി പുറപ്പെട്ടു. വഴിമദ്ധ്യേ ചിമ്മിനിക്കുന്നിൽ(തോട്ടട - കണ്ണൂർ) വെച്ച് എതിരെ വരുന്ന മറ്റൊരു സംഘത്തെ പരിചയപ്പെട്ടു. സംസാരിച്ചു വന്നപ്പോൾ രണ്ട് സംഘവും ഒരേ ലക്ഷ്യത്തിനു വേണ്ടി പുറപ്പെട്ട് പരസ്പരം തേടുന്നവരാണെന്നും മനസ്സിലായി. നാട്ടിൽ അസാധാരണമായി രോഗവും ക്ഷാമവും പടർന്നു പിടിച്ചപ്പോൾ നടത്തിയ പ്രശ്‌ന ചിന്തയിൽ , കാട് മൂടി കിടക്കുന്ന മൂലസ്ഥാനം ശുദ്ധി ചെയ്ത് പരിപാലിക്കണമെന്നും അമ്മയും മകളും തെക്കൊരിടത്ത് കുടിയിരിക്കുന്നുണ്ടെന്നും അറിഞ്ഞ് പുറപ്പെട്ടതാണ് അവരും. രണ്ടു സംഘവും ഒന്നിച്ച് നീലേശ്വരത്തെത്തി. കാട് മൂടിക്കിടന്ന മൂലസ്ഥാനം കാട് വെട്ടിത്തെളിച്ച് തമ്മക്കാരൻ കാരണവർ ക്ഷേത്രത്തിനകത്ത് കടന്ന് തിരുവായുധങ്ങൾ പുറത്തെടുത്ത് അവിടെ വിളക്ക് വെച്ച് പരിപാലനം പുനഃസ്ഥാപിച്ചു.

കടൽ പിൻവാങ്ങിയ, തൈക്കടപ്പുറത്ത് അറക്കൽ കടപ്പുറത്ത് ഭഗവതീക്ഷേത്രത്തിന്റെ അധീനതയിലുളള ഭൂമിയിൽ ക്ഷേത്രനിർമ്മാണം നടന്നുകൊണ്ടിരിക്കുന്നു.